La diferencia clave entre la piridina y la pirimidina es que la estructura de la piridina se asemeja a la estructura del benceno con un grupo metilo reemplazado por un átomo de nitrógeno, mientras que la estructura de la pirimidina, aunque también se parece a la estructura del benceno, tiene dos grupos metilo reemplazados por átomos de nitrógeno.
La piridina y la pirimidina son compuestos orgánicos. Estos se denominan compuestos orgánicos heterocíclicos porque son estructuras cíclicas que tienen dos tipos diferentes de átomos que forman el anillo. Estas estructuras de anillo contienen átomos de carbono y nitrógeno.