La diferencia clave entre la teoría de los orbitales moleculares y la teoría del enlace de valencia es que la teoría de los orbitales moleculares describe la formación del orbital molecular, mientras que la teoría del enlace de valencia describe los orbitales atómicos.
Diferentes moléculas tienen diferentes propiedades químicas y físicas que los átomos individuales que se unieron para formar estas moléculas. Para comprender estas diferencias entre las propiedades atómicas y moleculares, es necesario comprender la formación de enlaces químicos entre varios átomos para formar una molécula. En la actualidad, utilizamos dos teorías de la mecánica cuántica para describir el enlace covalente y la estructura electrónica de las moléculas. Estas son la teoría del enlace de valencia y la teoría de los orbitales moleculares.