La diferencia clave entre colonización e infección es que la colonización es el proceso de establecimiento del microbio en los tejidos corporales, mientras que la infección es el proceso de invasión de los tejidos corporales por el microbio para causar los síntomas de la enfermedad.
La patogenicidad de los microbios es un proceso bioquímico y estructural completo que se define por el mecanismo completo en el que el microorganismo causa la enfermedad. Por ejemplo, la patogenicidad de las bacterias puede estar asociada con diferentes componentes de la célula bacteriana, tales como cápsulas, fimbrias, lipopolisacáridos (LPS) y otros componentes de la pared celular. También podemos asociarlo con la secreción activa de sustancias que dañan los tejidos del huésped o protegen a las bacterias de las defensas del huésped. La colonización y la infección son dos términos en patogenicidad microbiana. La primera etapa de la patogenicidad microbiana es la colonización. Se conoce como el correcto establecimiento del patógeno en los tejidos del huésped. Por el contrario, la infección es la invasión de los tejidos corporales por el patógeno para causar la enfermedad.