La diferencia clave entre GFP y EGFP es que GFP es una proteína de tipo salvaje incorporada en la clonación molecular de células que no son de mamíferos, mientras que EGFP es un tipo de GFP mejorado o modificado que se puede usar en células de mamíferos.
La clonación molecular es una técnica avanzada que los científicos utilizan enormemente para expresar proteínas mediante tecnología recombinante. En la tecnología del ADN recombinante, es necesario transformar con éxito el vector recombinante en un organismo huésped. Por lo tanto, durante el proceso de transformación, debe identificarse y confirmarse si el gen de interés se ha transformado o no en el hospedador. Para evaluar esto, los biólogos moleculares adoptan varias técnicas. De esas técnicas, una es el gen reportero. Estos genes indicadores actúan como marcadores seleccionables para seleccionar los transformantes correctos. Por lo tanto, la proteína verde fluorescente (GFP) y la proteína verde fluorescente mejorada (EGFP) son dos proteínas informadoras utilizadas en la clonación molecular.