La diferencia clave entre el aparato Cis y la cara trans del aparato de Golgi es que la cara Cis del aparato de Golgi es el lado receptor de las vesículas desde el ER rugoso hasta el aparato de Golgi, mientras que la cara trans del aparato de Golgi es el lado de envío de las vesículas llenas de proteínas del aparato de Golgi a otros lugares.
El aparato de Golgi es uno de los orgánulos celulares. Por tanto, está formado por vesículas y cisternas. Es el orgánulo celular que implica la clasificación y empaquetado de proteínas de forma intracelular antes de transportarlas a algún otro lugar. El retículo endoplásmico forma vesículas y se transfiere al aparato de Golgi. La cara cis del aparato de Golgi recibe vesículas y se fusionan para formar cisternas cis. Las cisternas maduran y se mueven en dirección cis a trans. Desde la cara trans del aparato de Golgi, salen vesículas del aparato de Golgi que llevan proteínas específicas a otros lugares.