La diferencia clave entre los cuerpos de Golgi y las mitocondrias está en la función que realizan. La función principal de los cuerpos de Golgi (o aparato de Golgi) es la modificación, clasificación y empaquetado de proteínas para su secreción, mientras que la función principal de las mitocondrias es la producción de moneda de energía de la célula (ATP) a través de la respiración.
Las células eucariotas contienen orgánulos celulares como cuerpos de Golgi, mitocondrias, lisosomas, ribosomas, núcleos, etc. Estos son orgánulos vitales necesarios para las funciones celulares. Los cuerpos de Golgi son parte del sistema de endomembranas que se compone de vesículas y membranas plegadas, mientras que las mitocondrias son orgánulos en forma de frijol unidos a una membrana doble que se encuentran en las células eucariotas.