Diferencia clave - Nick Translation vs Primer Extension
La traducción de Nick y la extensión de cebadores son dos técnicas importantes que se llevan a cabo en biología molecular. La diferencia clave entre la traducción de la mella y la extensión del cebador es que el proceso de traducción de la mella produce sondas marcadas para otras técnicas de hibridación, mientras que el método de extensión del cebador identifica una secuencia de ARN específica de una mezcla y revela información sobre la expresión de ARNm. Ambas técnicas tienen gran importancia y se realizan de forma rutinaria en laboratorios de investigación molecular.
CONTENIDO
1. Descripción general y diferencia clave
2. Qué es Nick Translation
3. Qué es Primer Extension
4. Comparación lado a lado - Nick Translation vs Primer Extension
5. Resumen
¿Qué es Nick Translation?
La traducción de Nick es una técnica importante que se utiliza para preparar sondas marcadas para diversas técnicas de biología molecular tales como transferencia, hibridación in situ, hibridación in situ fluorescente, etc. Es un método in vitro de marcaje de ADN. Las sondas de ADN se utilizan para identificar secuencias específicas de ADN o ARN. Con la ayuda de una sonda marcada, se pueden marcar o visualizar fragmentos específicos a partir de una mezcla compleja de ácido nucleico. Por lo tanto, las sondas marcadas se preparan utilizando diversas técnicas que se utilizarán para diferentes técnicas. La traducción de Nick es uno de esos métodos que produce sondas marcadas con la ayuda de las enzimas ADNasa 1 y ADN polimerasa 1.
El proceso de traducción de la mella comienza con la actividad de la enzima DNasa 1. La DNasa 1 introduce mellas en la cadena principal de fosfato del ADN bicatenario al escindir los enlaces fosfodiéster entre los nucleótidos. Una vez que se crea la muesca, se producirá el grupo 3 'OH libre del nucleótido y la enzima ADN polimerasa 1 actuará sobre él. La actividad exonucleasa 5 'a 3' de la ADN polimerasa 1 elimina los nucleótidos de la muesca hacia la dirección 3 'de la cadena de ADN. Simultáneamente, la actividad polimerasa de la enzima ADN polimerasa 1 funciona y agrega nucleótidos para reemplazar los nucleótidos eliminados. Si los nucleótidos fueron etiquetados, el reemplazo ocurrirá por los nucleótidos etiquetados y marcará el ADN para su identificación. Este ADN marcado recién sintetizado se puede utilizar como sondas en diversas reacciones de hibridación en Biología Molecular.
Figura 01: Proceso de traducción de Nick
¿Qué es Primer Extension?
La extensión del cebador es una técnica que se utiliza para encontrar una secuencia de ARN específica a partir de una mezcla de ARN y localizar el extremo 5 'de la transcripción de ARNm. También se utiliza para estudiar la estructura del ARN y la expresión. El método de extensión de cebadores se lleva a cabo con cebadores marcados o con nucleótidos marcados. Si se utilizan cebadores marcados, se excluye la necesidad de marcar los nucleótidos que se utilizan para la síntesis de cDNA. Hay varios pasos en esta técnica. Comienza con la extracción de ARN de la muestra. Luego, se agrega un cebador oligonucleotídico marcado a la mezcla junto con los ingredientes necesarios para sintetizar el ADNc de una secuencia de ARN específica. El cebador se templa con la secuencia complementaria de la mezcla. Usando la secuencia recocida del cebador como plantilla,la enzima transcriptasa inversa sintetiza el ADN complementario (ADNc) de la secuencia de ARN. El apareamiento de cebadores y la transcripción inversa se producen solo cuando la secuencia de ARN específica está presente en la muestra. Finalmente, cuando se realiza la electroforesis en gel desnaturalizante, se puede determinar el tamaño de la secuencia de ARN. También es fácil encontrar la base +1 de la secuencia de ARNm (sitio de inicio de la transcripción) mediante el método de extensión del cebador. La cantidad de ARNm presente en la muestra puede cuantificarse mediante este método si se usa un cebador en exceso. También es fácil encontrar la base +1 de la secuencia de ARNm (sitio de inicio de la transcripción) mediante el método de extensión del cebador. La cantidad de ARNm presente en la muestra puede cuantificarse mediante este método si se usa un cebador en exceso. También es fácil encontrar la base +1 de la secuencia de ARNm (sitio de inicio de la transcripción) mediante el método de extensión del cebador. La cantidad de ARNm presente en la muestra puede cuantificarse mediante este método si se usa un cebador en exceso.
Figura 02: Extensión del cebador
¿Cuál es la diferencia entre Nick Translation y Primer Extension?
Diferencia del medio del artículo antes de la mesa
Nick Translation vs Primer Extension |
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| La traducción de Nick es un proceso que crea sondas de ADN marcadas para diversas reacciones de hibridación. | La extensión de cebadores es una técnica utilizada para encontrar ARN específico o para estudiar la expresión génica. |
| Enzimas utilizadas | |
| Se utilizan enzimas ADNasa 1 y ADN polimerasa. | Se utiliza la enzima transcriptasa inversa. |
| Importancia | |
| La traducción de Nick facilita el marcado de una secuencia de ADN específica. | La extensión del cebador permite la detección del tamaño de secuencia de ARNm específico y la cantidad presente en la muestra. |
Resumen - Nick Translation vs Primer Extension
La traducción de Nick es un método utilizado para sintetizar sondas marcadas basadas en las actividades de las enzimas DNasa 1 y ADN polimerasa 1 de E. coli. Es un método in vitro empleado en los laboratorios antes de diferentes técnicas de hibridación. Durante la traducción de la muesca, la actividad exonucleasa 5'-3 'de la ADN polimerasa 1 elimina los nucleótidos antes de la muesca y la actividad polimerasa de la ADN polimerasa 1 reemplaza los nucleótidos eliminados con nucleótidos marcados detrás de la muesca. La extensión de cebadores es un método que se utiliza para detectar una transcripción de ARN específica de una mezcla y cuantificar el tamaño y la cantidad del ARN de interés. Ésta es la diferencia entre la traducción de mellas y la extensión del cebador.
