La diferencia clave entre la autoincompatibilidad gametofítica y esporofítica es que en el sistema de autoincompatibilidad gametofítica, el fenotipo del polen está determinado por su genotipo haploide gametofítico, mientras que en la autoincompatibilidad esporofítica, el fenotipo polen está determinado por el genotipo diploide de la planta.
La autoincompatibilidad es un mecanismo de control de la polinización en las plantas. Principalmente previene la autopolinización y refuerza la polinización cruzada, que es una ventaja evolutiva. La autoincompatibilidad se produce como resultado de interacciones químicas negativas entre el polen y el tejido del estilo dentro del mismo alelo. Aunque los pólenes y pistilos son viables y fértiles, la germinación del polen no se produce en estas plantas. Cuando no se produce la germinación del polen, no se puede formar el tubo polínico. Luego, los pólenes no logran entregar los gametos masculinos en los gametos femeninos para la fertilización. Como resultado, no pueden producir semillas.
Hay dos sistemas principales de autoincompatibilidad como la autoincompatibilidad gametofítica y la autoincompatibilidad esporofítica. Son sistemas de autoincompatibilidad de un solo locus que se basan en un solo locus (S) multialélico. Este locus consta de un pistilo que expresa el gen S y un polen que expresa el gen S.
