La diferencia clave entre variación antigénica y de fase es que la variación antigénica es el mecanismo que se refiere a la expresión de proteínas, carbohidratos o lípidos antigénicamente distintos en sus superficies, mientras que la variación de fase es el cambio de activación y desactivación reversible de alta frecuencia de la expresión del fenotipo.
La variación antigénica y de fase son dos tipos de mecanismos moleculares utilizados por los patógenos para evitar las respuestas inmunitarias del huésped. Están relacionados entre sí. Estos mecanismos permiten que los microbios, especialmente las bacterias, se adapten a más de un entorno. Como resultado de la variación de fase y antigénica, se forma un fenotipo heterogénico de una población bacteriana clonal. En esta población, las células individuales expresan proteínas de fase variable o una de las múltiples formas antigénicas de la proteína. Estas variaciones son principalmente estrategias de virulencia ejecutadas por patógenos.
