La diferencia clave entre la variación somática y la variación germinal es que la variación somática es la variación genética que ocurre en las células somáticas, mientras que la variación germinal es la variación genética que ocurre en las células germinales como los óvulos o los espermatozoides.
La variación genética se refiere al proceso de cambiar el material genético de un organismo o la diferencia en las secuencias de ADN entre individuos dentro de una población. Secuencias de ADN sujetas a cambios con el tiempo de una generación a otra. La recombinación genética es uno de los principales mecanismos que provocan variación genética. Además, la mutación también puede causar variación genética. Genéticamente, los organismos multicelulares poseen dos tipos principales de células; células somáticas y células germinales. Por tanto, la variación genética es de dos tipos; son la variación somática y la variación germinal. Si la variación genética ocurre en las células somáticas, la llamamos variación somática, y si la variación genética ocurre en las células germinales, la llamamos variación germinal. Las variaciones somáticas son en su mayoría no heredables, mientras que las variaciones germinales son en su mayoría heredables.