La diferencia clave entre el eclipse y el período latente es que el período de eclipse es el momento de sintetizar las proteínas del fago y los ácidos nucleicos dentro de la célula huésped, mientras que el período latente es el tiempo entre la inyección del genoma viral en la célula y la lisis de la célula huésped.
Un bacteriófago (fago) es una partícula de virus intracelular obligada que infecta y se propaga dentro de una bacteria específica. Estos también se conocen como comedores de bacterias, ya que actúan como agentes bactericidas. La forma compleja de cabeza y cola es la forma más común que muestran los bacteriófagos. Infectan a las bacterias huésped para poder reproducirse. Al comienzo de la infección, se adhieren firmemente a la pared celular bacteriana utilizando sus receptores de superficie e inyectan su material genético en la célula huésped. Entonces su infección puede ocurrir a través de dos ciclos: ciclo lítico y lisogénico.
En el ciclo lítico, los bacteriófagos infectan a las bacterias y matan rápidamente a la célula bacteriana huésped mediante lisis. En el ciclo lisogénico, el material genético viral se integra con el genoma bacteriano o los plásmidos y existe dentro de la célula huésped durante muchas generaciones sin matar a la bacteria huésped. El proceso de infección sigue diferentes períodos como período de latencia, período de eclipse, período de subida, etc.