La diferencia clave entre auxótrofos y protótrofos es que los auxótrofos son microorganismos mutantes que han perdido la capacidad de producir un compuesto orgánico particular requerido para su crecimiento, mientras que los protótrofos son microorganismos de tipo salvaje que son capaces de producir todos los compuestos orgánicos requeridos.
Los microorganismos muestran diferentes modos de nutrición. Particularmente, las bacterias tienen diferentes habilidades. Algunas bacterias son capaces de fotosintetizar y producir su propio alimento, mientras que otras viven en relaciones simbióticas con su organismo huésped y obtienen nutrientes. Además, algunas bacterias degradan la materia orgánica y adquieren nutrientes. Los auxótrofos y protótrofos son dos grupos de microorganismos que se diferencian por su capacidad de producir compuestos orgánicos para su crecimiento. Los protótrofos pueden sintetizar todos los compuestos orgánicos necesarios para su crecimiento, mientras que los autótrofos no pueden producir un compuesto orgánico particular que sea esencial para su crecimiento debido a una mutación.
