La diferencia clave entre E. coli y Pseudomonas aeruginosa es que E. coli es una especie bacteriana anaerobia facultativa que pertenece a la familia Enterobacteriaceae y al género Escherichia, mientras que P. aeruginosa es una especie bacteriana aerobia que pertenece a la familia Pseudomonadadaceae y al género Pseudomonas.
Tanto E. coli como Pseudomonas aeruginosa son bacterias gramnegativas, móviles y con forma de bastón. Además, son bacterias encapsuladas. Pero, E. coli es una especie del género Escherichia, mientras que P. aeruginosa es una especie del género Pseudomonas.