La diferencia clave entre transformación y transducción es que la transformación es un mecanismo que altera el material genético de las bacterias mediante la captación directa de material genético exógeno de su entorno a través de la membrana celular y la incorporación de este al genoma, mientras que la transducción es la inyección de ADN extraño por un virus bacteriófago en la bacteria huésped.
La conjugación es un método bien conocido de recombinación de ADN, que se puede encontrar tanto en eucariotas como en procariotas. Los científicos han descubierto que es posible transferir ADN de una célula bacteriana a otra mediante otros dos mecanismos: transformación y transducción. De manera similar a la conjugación, estos dos mecanismos transfieren el ADN en una dirección y se produce la recombinación entre alelos en regiones de ADN homólogas. Ambos mecanismos transfieren muy pocas cantidades de ADN y no transfieren todo el cromosoma celular.
