La diferencia clave entre el emparejamiento de bases de Watson y Crick y Hoogsteen es que el emparejamiento de bases de Watson y Crick es la forma estándar que describe la formación de pares de bases entre purinas y pirimidinas. Mientras tanto, el emparejamiento de bases de Hoogsteen es una forma alternativa de formar pares de bases en los que la purina toma una conformación diferente con respecto a la pirimidina.
Un nucleótido tiene tres componentes: una base nitrogenada, un azúcar pentosa y un grupo fosfato. Hay cinco bases nitrogenadas diferentes y dos azúcares pentosa involucrados en la estructura del ADN y el ARN. Cuando estos nucleótidos forman una secuencia de nucleótidos, las bases complementarias, ya sean purinas o pirimidinas, forman enlaces de hidrógeno entre ellos. Esto se conoce como emparejamiento de bases. Por tanto, un par de bases se forma uniendo dos bases nitrogenadas mediante enlaces de hidrógeno. El emparejamiento de bases de Watson y Crick es el enfoque clásico o estándar, mientras que el emparejamiento de bases de Hoogsteen es una forma alternativa de formar pares de bases.
