La diferencia clave entre las células madre mesenquimales y hematopoyéticas es que las células madre mesenquimales pueden diferenciarse en neuronas, huesos, cartílagos, músculos y células de tejido graso, mientras que las células madre hematopoyéticas pueden diferenciarse en todos los tipos de células sanguíneas de nuestro cuerpo.
Las células madre son células indiferenciadas o no especializadas presentes en nuestro cuerpo. Son capaces de dividirse y producir el mismo tipo de células madre o de diferenciarse en células especializadas en tejidos que tienen funciones específicas. Debido a estas notables capacidades de las células madre, se utilizan para reparar y regenerar tejidos dañados. Las células madre mesenquimales y las células madre hematopoyéticas son dos tipos de células madre que son extremadamente importantes. Las células madre mesenquimales (células madre no hematopoyéticas) son células madre multipotentes que pueden generar células óseas, cartilaginosas y grasas. Por otro lado, las células madre hematopoyéticas pueden formar todo tipo de células sanguíneas en el cuerpo. Además, ambos tipos de células madre están presentes en la médula ósea.