La diferencia clave entre cisgénesis e intragénesis es que en la cisgénesis, los genes se introducen sin hacer ningún cambio en la secuencia de ADN, y los genes tienen su promotor nativo, intrones y secuencias terminadoras, mientras que en la intragénesis, los genes se pueden diseñar utilizando elementos genéticos de otras plantas. con el mismo acervo genético sexualmente compatible.
La transgénesis es la modificación genética en una planta receptora con genes de cualquier organismo no vegetal, o de una planta donante que sea sexualmente incompatible con la planta receptora. La cisgénesis y la intragénesis son dos conceptos alternativos a la transgénesis. Ambos tienen lugar entre especies cruzables. La cisgenesia se refiere a la modificación genética de una planta receptora con un gen natural de una planta sexualmente compatible. La intragénesis, por otro lado, permite el uso de nuevas combinaciones de genes creadas por reordenamientos in vitro de elementos genéticos funcionales. Sin embargo, ambos conceptos se basan en el uso de genes de la misma especie o especies estrechamente relacionadas que son sexualmente compatibles. Por tanto, la intragénesis y la cisgénesis son idénticas al acervo genético disponible para la reproducción convencional.
