La diferencia clave entre los transposones compuestos y no compuestos es que los transposones compuestos tienen dos secuencias de inserción flanqueantes, mientras que los transposones no compuestos tienen repeticiones invertidas en lugar de secuencias de inserción flanqueantes.
Un transposón es un fragmento de ADN que puede translocarse dentro del genoma bacteriano. Son secuencias de ADN móviles. Se mueven a nuevas ubicaciones del genoma. Estos movimientos producen cambios en la secuencia del genoma bacteriano, provocando cambios significativos en la información genética. Son los elementos genéticos transponibles responsables de establecer nuevas secuencias genéticas en bacterias. Los transposones también se conocen como genes saltarines porque estas secuencias saltarinas pueden bloquear la transcripción de genes y reorganizar el material genético de la bacteria. Además, son responsables del movimiento de genes de resistencia a los fármacos, resistencia a los antibióticos entre plásmidos y cromosomas. Hay dos tipos de transposones como transposones compuestos y no compuestos.