La diferencia clave entre el amonio cuaternario y el amoníaco es que la molécula de amoníaco cuaternario tiene un átomo de nitrógeno central unido a cuatro grupos alquilo, mientras que la molécula de amoníaco contiene un centro de nitrógeno unido a tres átomos de hidrógeno.
El amonio cuaternario es un catión que se deriva de una molécula de amoníaco normal. Aquí, los tres átomos de hidrógeno de la molécula de amoníaco están sustituidos con grupos alquilo similares o diferentes, y hay un grupo alquilo adicional unido al átomo de nitrógeno a través de su par de electrones solitarios.