La diferencia clave entre metabolitos primarios y secundarios es que los metabolitos primarios son los productos finales del metabolismo que participan directamente en el crecimiento, desarrollo y reproducción normales de un organismo, mientras que los metabolitos secundarios son los metabolitos que no participan directamente en el crecimiento, desarrollo y reproducción normales de un organismo.
Los metabolitos participan en el crecimiento de organismos a través del proceso de metabolismo. El metabolismo es la suma de todas las reacciones bioquímicas que ocurren en un organismo. Hay dos categorías principales de metabolitos según el origen y la función. Son metabolitos primarios y metabolitos secundarios.