La diferencia clave entre la plastoquinona y la plastocianina es que la plastoquinona es una molécula portadora lipofílica que transfiere electrones a la plastocianina a través del complejo proteico del citocromo b6f. Pero la plastocianina es una pequeña proteína azul-cobre soluble en agua que acepta un par de electrones del complejo del citocromo b 6 f y lo pasa al fotosistema I en el espacio tilacoide.
La fotosíntesis tiene dos tipos de reacciones: reacciones dependientes de la luz y reacciones independientes de la luz. Estos dos tipos de fotosistemas juegan un papel importante en las reacciones dependientes de la luz. Son el fotosistema I y II. Los fotosistemas son grandes complejos de proteínas y pigmentos o moléculas que absorben la luz. Capturan energía de la luz solar. P700 es el centro de reacción del fotosistema I, mientras que P680 es el centro de reacción del fotosistema II. Cada fotosistema absorbe luz y produce ATP mediante fotofosforilación. También producen NADPH. Varios tipos de aceptores de electrones participan en las reacciones dependientes de la luz. La plastoquinona y la plastocianina son dos tipos de moléculas involucradas en la cadena de transporte de electrones.
