La diferencia clave entre el efecto fundador y la deriva genética es que un efecto fundador es un evento de deriva genética en el que un pequeño grupo se separa de la población principal para establecer una colonia, mientras que la deriva genética se refiere a los cambios aleatorios de frecuencias alélicas en poblaciones pequeñas que causan la desaparición de genes particulares con el tiempo.
La evolución es el proceso que explica el cambio de rasgos en los organismos durante generaciones sucesivas. La evolución se basa en la selección natural y la deriva genética. Debido a la selección natural, las características favorables permanecen en las poblaciones mientras que las características desfavorables disminuyen de las poblaciones con el tiempo. De manera similar, la deriva genética causa cambios aleatorios en las frecuencias de los alelos en poblaciones pequeñas, debido a la desaparición casual de genes particulares debido a la muerte o la evitación de la reproducción. El efecto fundador y el efecto cuello de botella son dos eventos de deriva genética.
