La diferencia clave entre opsonización y neutralización se basa en la forma en que realizan la respuesta inmunológica. En la opsonización, los patógenos se marcan antes de ser destruidos, mientras que en la neutralización se neutraliza el efecto del patógeno.
Las respuestas inmunológicas pueden ser innatas o adaptativas. Los patógenos poseen receptores de reconocimiento de patógenos, que facilitan su identificación por parte del huésped. En la opsonización, el anfitrión produce opsoninas. Sin embargo, en la neutralización, el huésped produce anticuerpos neutralizantes para neutralizar el efecto de la reacción anticuerpo-antígeno.