La diferencia clave entre el fotosistema 1 y el fotosistema 2 es que el fotosistema 1 tiene un centro de reacción compuesto de clorofila, una molécula de P700 que absorbe luz a una longitud de onda de 700 nm. Por otro lado, el fotosistema II tiene un centro de reacción que comprende clorofila, una molécula de P680 que absorbe la luz a una longitud de onda de 680 nm.
Los fotosistemas son una colección de moléculas de clorofila, moléculas de pigmento accesorias, proteínas y pequeños compuestos orgánicos. Hay dos fotosistemas principales; fotosistema I (PS I) y fotosistema II (PS II), presentes en las membranas tilacoides de cloroplastos en plantas. Ambos llevan a cabo la reacción luminosa de la fotosíntesis. En consecuencia, las plantas necesitan esencialmente estos dos fotosistemas. Es porque los electrones de extracción del agua requieren más energía que el fotosistema activado por luz que puedo suministrar. En consecuencia, el fotosistema II puede absorber luz de longitud de onda más corta (energía más alta) y enlaces en tándem con PS I, lo que permite un flujo de electrones no cíclico.
