La diferencia clave entre aloanticuerpo y autoanticuerpo es que el aloanticuerpo es un anticuerpo producido contra aloantígenos, que son antígenos extraños introducidos por transfusión o embarazo. Mientras tanto, el autoanticuerpo es un anticuerpo que reacciona con los autoantígenos.
Los anticuerpos se producen como resultado de una respuesta inmunitaria. Pueden reflejar la presencia, naturaleza e intensidad de una respuesta inmune. El sistema inmunológico debería poder identificar los autoantígenos y los antígenos extraños por separado. Es fundamental para su función. Las células B del sistema inmunológico producen anticuerpos contra antígenos. Los aloanticuerpos y autoanticuerpos son dos tipos de tales anticuerpos. Los aloanticuerpos se producen debido a la introducción de aloantígenos en el cuerpo por transfusión o embarazo. Por el contrario, los autoanticuerpos son anticuerpos que reaccionan con autoantígenos. La reacción de los autoanticuerpos con los autoantígenos es responsable de la inflamación, el daño y la disfunción de tejidos y órganos, dando lugar a signos y síntomas de trastornos autoinmunes.