La diferencia clave entre las porinas y las acuaporinas es que las porinas son poros y canales llenos de agua que se encuentran en las membranas de las bacterias y eucariotas. Mientras tanto, las acuaporinas son proteínas de membrana que forman canales selectivos de agua en las células vivas.
Diferentes moléculas entran y salen de la célula a través de la membrana plasmática en los organismos vivos. Por lo tanto, existen diferentes proteínas de membrana en la membrana plasmática para mantener y regular las moléculas que entran y salen de las células. Las porinas y las acuaporinas son dos tipos de proteínas de membrana. De estos, las porinas son poros llenos de agua que facilitan el transporte de moléculas hidrofílicas a través de la membrana. Mientras tanto, las acuaporinas son canales selectivos de agua que permiten específicamente que el agua pase libremente a través de la membrana.