La diferencia clave entre complementación y recombinación es que la complementación es la capacidad de dos mutantes en combinación para restaurar un fenotipo normal, mientras que la recombinación es el intercambio de material genético entre cromosomas, lo que resulta en alteraciones físicas en los cromosomas.
La complementación y la recombinación son dos conceptos que producen organismos genéticamente diferentes. La complementación restaura el fenotipo normal cuando dos mutantes se combinan, mientras que la recombinación da lugar a un organismo con una estructura genética alterada debido al intercambio de material genético entre organismos.