La diferencia clave entre FISH y CGH es que FISH es una técnica molecular que detecta una secuencia de ADN específica en un cromosoma utilizando sondas marcadas con fluorescencia, mientras que CGH es otra técnica citogenética molecular que detecta alteraciones en el ADN genómico.
El análisis citogenético juega un papel importante en la medicina a la hora de detectar anomalías cromosómicas como aneuploidías, deleciones, duplicaciones y reordenamientos, etc. Las anomalías cromosómicas eventualmente conducen a enfermedades genéticas como cáncer, infertilidad, síndrome de Down, síndrome de Klinefelter, síndrome de Turner, leucemia, etc. Existen varios métodos citogenéticos moleculares para detectar los defectos y enfermedades mencionados anteriormente. Entre ellos, FISH (hibridación fluorescente in situ) y CGH (hibridación genómica comparativa) son dos potentes técnicas de hibridación. Sin embargo, ambos métodos tienen pros y contras.