La diferencia clave entre bacterioclorofila y clorofila es que los fotótrofos anoxigénicos, como las bacterias púrpuras, las heliobacterias y las bacterias de azufre verde, etc.tienen bacterioclorofilas, mientras que los fotótrofos oxigenados como las plantas verdes, las algas y las cianobacterias tienen clorofilas …
Hay dos tipos de fotosíntesis; fotosíntesis oxigenica y fotosíntesis anoxigénica. También existen dos tipos de pigmentos fotosintéticos como la clorofila y la bacterioclorofila. Los fotótrofos oxigenados tienen clorofila, mientras que los fotótrofos anoxigénicos tienen bacterioclorofila. La bacterioclorofila y la clorofila son similares en la estructura general. Pero difieren en las sustituciones alrededor del anillo y en la longitud y las sustituciones en la cola del fitol. Hay cuatro tipos de clorofilas, mientras que hay siete tipos de bacterioclorofilas.