La diferencia clave entre archenteron y blastocoel es que archenteron es el intestino primario formado durante la gastrulación en el cigoto en desarrollo, que luego se desarrolla en el tubo digestivo, mientras que blastocele es una cavidad interna llena de líquido o yema de la blástula formada durante la blastulación.
La fertilización es el evento de reproducción sexual que forma un cigoto diploide. El cigoto finalmente se convierte en un embrión. El embrión sufre divisiones mitóticas y diferenciación celular, formando un embrión multicelular. La mórula es una etapa temprana del embrión, que contiene 16 células. La mórula se convierte en la blástula en la séptima división. Blastula contiene 128 células. Es una esfera hueca de células que rodea una cavidad interna llena de líquido. Y esta cavidad de blástula llena de líquido se conoce como blastocele. La blástula se pliega hacia adentro y se agranda para formar una gástrula, que es una estructura de varias capas que contiene capas germinales primarias. Archenteron es el intestino primario ubicado en la gástrula. Archenteron se convierte en el tubo digestivo más tarde.