La diferencia clave entre diferenciación y morfogénesis es que la diferenciación describe cómo las células se especializan para llevar a cabo funciones únicas, mientras que la morfogénesis describe el desarrollo de las formas de los organismos vivos.
Los organismos multicelulares comienzan su vida a partir de una célula, ya sea formando una espora o un cigoto. Por lo tanto, la diferenciación celular y la morfogénesis son dos procesos diferentes y principales que ocurren durante el desarrollo de un organismo multicelular. La diferenciación es el proceso de formación de diferentes tipos de células especializadas. Conduce a la maduración de células y tejidos que realizan funciones específicas para un organismo. Por otro lado, la morfogénesis es el proceso de desarrollo de diferentes formas de organismos vivos. Determina la forma de células, tejidos, órganos u organismos.